苏格兰牧羊犬分4大系。
1貂色系：色泽分部由橘黄色至深褐色皆属貂色系。纯貂色，会呈现较浅的橘黄色被毛，并在橘黄色的边缘有较深的颜色覆盖，若不同时带有三色系基因，则橘黄色的被毛会和其它的颜色共同分布出现。混三色貂色，同时带三色系基因及貂色系基因的牧羊苏格兰牧羊犬会，被毛颜色会较深呈现深褐色。
2 三色系：比貂色系基因弱，由黑褐（黑色毛的边缘，及鼻梁部位），白（四肢，前胸，尾等）三色分布于全身。
3 大理石色系： 灰色大理石色系，毛色分部大抵同三色系，唯原来黑色的部分，会产生如大理石色的斑纹，就像是将黑色淡化成灰色纹路般。 貂色大理石色系，毛色分部大抵同貂色系，唯原来貂色的部分，会产生如大理石色的斑纹，就像是将貂色淡化成灰色纹路般。
4 白色系：除了头部及身上少部分的颜色会有上述三种色系（貂色系，三色系，大理石色系）的头部色彩外全身大部分皆是纯白色（偶尔会有褐色斑点在身上），相当耀眼。
